Fundada em 1877 por Domingos do Prado e Oliveira, nasce a Fazenda Pedras de Cima, entre a beleza do rio, das pedras e dos angicos. Batizada por vários nomes como: Pedras de Cima, Pedras dos Angicos, São José das Pedras dos Angicos, São Francisco das Pedras e numa homenagem ao rio foi sacramentado o nome definitivo: São Francisco. E cada um desses nomes tem a sua história; Pedras de Cima para distinguir do nome dado a Maria da Cruz que era Pedra de Baixo. Com o desaparecimento do proprietário Domingos do Prado e Oliveira, depois da conjuração do São Francisco, a Fazenda Pedras de Cima, transformada em povoado de Pedras dos Angicos. Emancipando da paróquia de Contendas conservou o mesmo nome, depois foi acescido o nome de São José das Pedras dos Angicos.
Por duas vezes, sendo a última em 1850, foi incorporada ao município de Montes Claros das Formigas. Em 6 de novembro de 1866 ocorreu a emancipação eclesiástica da Paróquia de Contendas. Nesta data a Lei Provincial nº 1.356 criava o distrito de Paz com a Paróquia de São José das Contendas. Em 30 de março de 1871, pela Lei nº 1755, confirmada pela Lei nº 1.996 de 4 de novembro de 1873, ocorre a mudança da sede municipal da comarca do Rio São Francisco para o povoado de Pedras dos Angicos. Nesse mesmo ano desencadeia-se uma luta pela emancipação das Pedras havendo um confronto entre os partidos políticos da época: Liberais e Conservadores na Assembléia Provincial pelo mesmo motivo. A causa desse confronto era que o distrito progredia a olhos vistos, superando a sede (São Romão). A mudança da sede municipal concretizou-se em 1874, transferindo-se, também os arquivos, o que provocou a fuga do presidente da Câmara para as Pedras. No dia 12 de Junho do mesmo ano a transferência foi efetivada. Assim ficou instalado o poder executivo nas Pedras dos Angicos, em 12 de Junho de 1876, com os seguinte membros:
– Presidente: Francisco de Paula Souza Bretas – Vereadores: Justino Nunes de Macedo; Melquíades José Gomes; João Quirino da Cunha; João Antônio Magalhães; Joaquim Gomes de Abreu.
O primeiro Juiz de direito foi Francisco Manoel Paraíso Cavalcante. Em 1876, realizou-se o 1º pleito municipal da nova unidade administrativa, ficando assim construída a mesa diretora da Câmara, para o quatriênio a começar em 1877. – Presidente: Francisco de Paula Souza Bretas – Vice-presidente: João Rodrigues Néri Gangana – Vereadores: Melquíades José Gomes, Emídio Gonçalves Pereira, Valentim Ernesto da Mota e Jacinto José Gomes. No decorrer de 1877, em outubro, por proposta do Deputado Eufrosino, eleva-se a vila à categoria de Cidade com a denominação de Cidade Evangelina. Na mesma sessão o Deputado Taioba Júnior apresenta a emenda de nº 7, propondo a mudança de Cidade Evangelina para São Francisco das Pedras. Em 25 de Outubro o projeto foi aprovado com a simplificação de Cidade de São Francisco. Em 1877, no dia 5 de novembro, pela Lei nº 2.416, recebeu o nome de São Francisco, deixando, assim, a categoria de vila e era a mais nova e bela cidade ribeirinha.